Les modèles d'homologie peuvent également être utilisés pour identifier les différences subtiles entre des protéines apparentées qui n'ont pas toutes été résolues structurellement . Par exemple, la méthode a été utilisée pour identifier les sites de liaison cationique sur la Na+/K+ ATPase et pour proposer des hypothèses sur l'affinité de liaison de différentes ATPases..
À quoi servent les modèles d'homologie ?
La modélisation par homologie est l'une des méthodes computationnelles de prédiction de structure qui sont utilisées pour déterminer la structure 3D d'une protéine à partir de sa séquence d'acides aminés. Elle est considérée comme la plus précise des méthodes de prédiction de structure computationnelle. Il se compose de plusieurs étapes simples et faciles à appliquer.
Qu'est-ce que la modélisation par homologie et pourquoi est-elle nécessaire ?
La modélisation par homologie permet d'obtenir la structure tridimensionnelle d'une protéine cible basée sur la similitude entre les séquences matrice et cible et cette technique s'avère efficace lorsqu'il s'agit d'étudier les protéines membranaires qui sont difficiles à cristalliser comme le GPCR car il offre un degré plus élevé de compréhension de…
Comment fait-on un modèle d'homologie ?
la modélisation par homologie comporte plusieurs étapes
- sélection du modèle en utilisant votre séquence cible. À cette fin, vous pouvez effectuer une recherche BLASTp sur toutes les structures protéiques disponibles (PDB). …
- Alignement du modèle et de la séquence cible. …
- Qualité de votre modèle. …
- Raffinementde votre modèle en conséquence.
Qu'est-ce qui fait une bonne modélisation par homologie ?
Si nous définissons un "modèle d'homologie hautement réussi" comme ayant <=2 Å rmsd de la structure empirique, alors le modèle doit avoir >=60% d'identité de séquence avec la cible pour un succès taux >70%. Même à des identités de séquence élevées (60 % à 95 %), jusqu'à un modèle d'homologie sur dix a une rmsd de >5 Å vs.
