Les méthodes basées sur la capture de la conformation chromosomique (3C) révélent l'organisation des chromosomes dans le noyau en déterminant la proximité physique de paires de points le long de la chromatine. Ils préservent les interactions de la chromatine par réticulation suivie d'une fragmentation, d'une ligature et d'un séquençage des régions en interaction.
Comment fonctionne la capture de conformation chromosomique ?
Capture de la conformation chromosomique sur puce (4C) capture les interactions entre un locus et tous les autres locus génomiques. Cela implique une deuxième étape de ligature, pour créer des fragments d'ADN auto-circularisés, qui sont utilisés pour effectuer une PCR inverse. … Sur un seul microréseau, environ un million d'interactions peuvent être analysées.
Qu'est-ce que la capture de la conformation de la chromatine ?
Chromatin Conformation Capture (3C) est une technique importante utilisée pour étudier la structure de la chromatine, ainsi que la base de plusieurs autres techniques dérivées. … Le protocole implique une réticulation au formaldéhyde des cellules suivie d'un isolement de la chromatine et d'une digestion avec une enzyme de restriction.
Comment fonctionne le séquençage Hi-C ?
L'approche Hi-C étend 3C-Seq pour cartographier les contacts de la chromatine à l'échelle du génome, et elle a également été appliquée à l'étude des interactions in situ de la chromatine. Dans cette méthode, les complexes ADN-protéine sont réticulés avec du formaldéhyde. L'échantillon est fragmenté et l'ADN est extrait, ligaturé et digéré avec des enzymes de restriction.
Qu'est-ce que la technique Hi-C ?
La technique Hi-C classique implique la digestion par restriction d'un génome réticulé au formaldéhyde avec des enzymes de restriction spécifiques à la séquence, suivie du remplissage et de la réparation des extrémités digérées avec l'incorporation de nucléotides liés à la biotine. Les extrémités réparées sont ensuite religaturées.
